1997年1月就职于日本农林水产省农业研究中心，先后任研究员和主任研究员；

2000年1月回国。在南京农业大学历任生命科学和技术学院院长，农学院院长；

2003年7月起，任中国农科院作物科学研究所所长。现兼任中国作物学会副理事长、中国作物学会分子育种分会主任委员、中国农业生物技术学会副理事长，作物生物技术分会理事长、中国遗传学会理事、中国植物学会常务理事、国家863专家、江苏省三项工程”水稻育种首席专家、江苏省品种审定委员会水稻组主任、中国农科院学术委员会委员、中国水稻所**研究员及学术委员会委员等职。

2015年8月19日，任中国农业科学院副院长。

第十三届全国委员会常务委员、农业和农村委员会委员。

2015年8月19日，任命万建民为中国农业科学院副院长。

2018年1月24日，政协第十二届全国委员会常务委员会第二十四次会议通过，任命万建民为政协第十三届全国委员会常务委员。

2018年3月15日，政协第十三届全国委员会第一次主席会议通过，万建民当选为农业和农村委员会委员。

主要从事水稻的基因定位、克隆和品种选育研究。重点围绕水稻品质、超高产、抗病虫、抗逆等性状，构建高密度新型分子标记图谱，开展相关新基因的精细定位、克隆和遗传转化，并进行水稻功能基因组学、蛋白质组学和生物信息学研究；建立和完善分子设计高效育种体系，与常规育种相结合，培育具有市场竞争力的优质水稻新品种。

2000年以来，获中国高校自然科学一等奖1项（2000），获中国农科院科技进步二等奖3项（2002~2004），获浙江省科技进步二等奖1项（2006），获江苏省科技进步二等奖1项（2007），获国家科技进步一等奖1项（2010，第一完**），申请专利及品种权23项，获得专利及品种授权8项。撰写专著3部，在国内外核心学术期刊发表论文200余篇，其中SCI论文50余篇。2001年获得中国农学会“全国优秀农业科技工作者”称号，江苏省人民政府授予“江苏省农业科技先进工作者”称号，2002年获得“江苏省有突出贡献中青年专家”称号，2003年获得江苏省“五一劳动奖章”，2005年获得国务院特殊津贴和“农业部有突出贡献中青年专家”称号。2006年被评为人事部“新世纪百千万人才工程”国家级人选。

1、耐贮藏水稻的筛选方法. 中国发明专利 。

2、一种肾脏病和糖尿病人专用水稻品种的选育方法，中国发明专利 。

3、一种耐贮藏水稻品种的选育方法，中国发明专利 。

4、水稻主效抗条纹叶枯病位点的分子标记方法，中国发明专利，申请号

5、水稻品种抗褐飞虱基因位点的分子标记方法，中国发明专利，申请号2.3

6、水稻品种抗褐飞虱主基因bph2的分子标记方法，中国发明专利，申请号2.2

7、水稻叶绿素合成酶突变基因及其基因工程应用，中国发明专利，申请号2.3，申请日2007.6.13

8、软米水稻低直链淀粉含量基因位点的分子标记方法，中国发明专利，申请号2.8，申请日2007.7.26

9、一种聚合低谷蛋白和抗条纹叶枯病的水稻品种的选育方法，中国发明专利，申请号2.6，申请日2008.8.22

10、低水溶性蛋白W3660，品种权号CNA20020113.1

11、优质、耐贮藏水稻W017品种权号CNA20020290.1

12、宁粳1号品种权号CNA20030547.6

13、高γ-氨基丁酸含量功能性水稻品种W025品种权号CNA20030548.4

14、宁粳2号获得新品种权，品种权号CNA20040146.7

15、优质、穗大粒多、高抗强恢复系W107申请新品种权，申请号20050287.5

16、优质、高产、多抗杂交稻新组合Ⅱ优107申请新品种权，申请号20050288.3

17、强恢复系W102 申请号20060245.4，公告号CNA002932E

18、优质、高产、多抗新组合协优102 申请号20060244.6，公告号CNA002931E

19、优质、高产、多抗新组合协优107 申请号20060243.8，公告号CNA002930E

20、W006申请号20070392.7, 公告号CNA004139E

21、品种W1721己于2007年12月14日上交，申请号是：20070659.4

22、品种W008己于2008年4月22日上交，申请号是：20080209.7

23、品种W010己于2008年4月22日上交，申请号是：20080210.0